Das Arzneimittelrecht ist im Wesentlichen im Arzneimittelgesetz (AMG) geregelt, das starker europarechtlicher Einflüsse unterworfen ist und 2005 neu gefasst wurde. Hier werden u.a. der Begriff des Arzneimittels definiert und die Zulassungsvoraussetzungen für deren Herstellung und Vertrieb geregelt. Arzneimittel werden definiert als Stoffe oder Zubereitungen aus Stoffen, die zur Anwendung am oder im menschlichen oder tierischen Körper bestimmt sind und als Mittel mit Eigenschaften zur Heilung oder Linderung oder zur Verhütung menschlicher oder tierischer Krankheiten oder krankhafter Beschwerden. Arzneimittel können auch verabreicht werden, um entweder die physiologische, immunologische oder metabolische Wirkung wiederherzustellen, zu korrigieren oder zu beeinflussen oder eine medizinische Diagnose zu erstellen (vgl. § 2 Absatz 1 AMG). Wichtig ist die Abgrenzung zu Medizinprodukten, für die gem. § 2 Absatz 3 Nr. 7 AMG nicht das AMG, sondern das Medizinproduktegesetz (MPG) zur Anwendung kommt. Entscheidend ist hier, dass Arzneimittel - im Gegensatz zu Medizinprodukten, die überwiegend mechanisch, physikalisch oder physiko-chemisch wirken – ihre Wirkung im pharmakologisch, metabolisch oder immunologischen Bereich erzielen. Eine weitere wichtige Abgrenzung besteht zu Lebensmitteln, zu kosmetischen Mitteln, zu Tabakerzeugnissen, die dem Lebensmittel- und Bedarfsgegenständegesetz unterliegen. Grundsätzlich sind alle Fertigarzneimittel zulassungspflichtig. Ausnahmen von der Zulassungspflicht werden unter § 21 Absatz 2 AMG genannt. Homöopathische oder traditionell pflanzliche Mittel beispielsweise bedürfen keiner Zulassung; sie müssen aber registriert werden (vgl. §§ 38 f. AMG und §§ 39a bis 39d AMG). Wichtig für Heilpraktiker sind die Regelungen zur Verabreichung und Abgabe (§§ 43 ff. AMG) von Arzneimitteln. Apothekenpflichtige Arzneimittel dürfen nur von Apotheken an den Endverbraucher abgegeben werden. Der Heilpraktiker darf als Endverbraucher z.B. Ampullen oder sonstige Arzneimittel, die er auch in seiner Praxis einsetzt, als Praxisvorrat erwerben. Insoweit ist er selbst Endverbraucher. Die Arzneimittel, Ampullen, etc., die er aus seinem Praxisvorrat dem Patienten verabreicht, darf er diesem zum Selbstkostenpreis auf die Rechnung schreiben. Arzneimittelmuster darf der Heilpraktiker seinen Patienten immer mitgeben. Der Heilpraktiker darf aber nicht Arzneimittel in der Apotheke besorgen, um sie seinen Patienten entgeltlich oder auch unentgeltlich mitzugeben. Das Recht auf Abgabe von Arzneimitteln liegt ausschließlich bei den Apotheken. Einzige Ausnahme ist die Notfallversorgung, bei der ein Heilpraktiker z.B. bei einem Hausbesuch dem Patienten Arzneimittel aus seinem Praxisvorrat überlassen darf. Das Herstellen von Arzneimitteln ist erlaubnispflichtig (§ 13 AMG), wobei das „Herstellen“ sehr weit gefasst ist: Hierunter fällt das Gewinnen, das Anfertigen, das Zubereiten, das Be- oder Verarbeiten, das Umfüllen einschließlich Abfüllen, das Abpacken, das Kennzeichnen und die Freigabe (§ 4 Absatz 14 AMG). Hier ist von dem Heilpraktiker zu beachten, dass also beispielsweise selbst das Abfüllen, Umfüllen, Abpacken und Kennzeichnen eines Tees aus einer Großpackung in mehrere Kleinpackungen bereits definitionsgemäß einem „Herstellen“ entspricht und einer Erlaubnis bedarf. Dies ist nicht der Fall, wenn es die Herstellung unter unmittelbarer fachlicher Verantwortung des Heilpraktikers zum Zwecke der persönlichen Anwendung bei einem bestimmten Patienten erfolgt (vgl. § 13 Absatz 2b AMG).